2012年7月3日下午，财政部文资办常务副主任王家新带队赴中国大百科全书出版社有限公司调研。中宣部出版局副局长张拥军、中国出版集团总裁谭跃、副总裁王俊国等有关负责同志参加了座谈会，《中国大百科全书》第三版执行总主编杨牧之、中国大百科全书出版社社长龚莉及社委会全体成员重点汇报国家重点工程《中国大百科全书》第三版编撰工作的基本情况和具体工作中遇到的问题和困难。文资办副主任董德刚、中华书局总经理李岩及文资办相关负责同志一同参加调研。
《三版》立项后，该项目相关负责人就具体经费预算等问题多次前往财政部文资办上报项目预算及进展情况。由于涉及很多财政规定的细节，项目推进稍显缓慢。很多一直关心百科事业发展的老专家致信温家宝总理希望国家能够大力支持。温总理非常重视，于2012年6月7日在百科全书的专家作者吴文俊、杨国桢、王绶琯、甘子钊和郑哲敏关于《三版》编纂工作的汇报信上专门批示：“请新闻出版总署、财政部处理。要根据国务院批复要求，予以支持。”文资办积极组织落实项目，重点针对项目工作进度、项目预算方案、项目整体设计、《三版》平台建设情况以及《三版》工作配套的基本硬件保障等问题调研，并对未来的工作提出明确要求。首先，要求出版社尽快完善现有的规划和方案，认真搭建顶层设计。第二，配合出版社尽快完善项目预算，其中包括项目总预算、分年预算、今年具体预算、分项预算等，尽力达到今年补充预算的审核要求。第三，务必尽快建立网络版平台，财政部会鼎力支持这项工作的开展，并紧盯进展情况。第四，文资办愿为项目的更好开展提供基础保障，修缮百科社编纂大楼，提供先进且舒适的工作环境，树立百科新的形象。